Ainsi, afin de hiérarchiser les sollicitations de ces établissements au regard des enjeux présents sur les territoires et en accord avec les orientations régionales et les plans d’action stratégiques de la Mission inter-service de l’eau et de la nature (MISEN), l’instruction précise les catégories de titre (autorisation, déclaration, dérogation) et les thématiques pour lesquelles une expertise des établissements est souhaitée.
L’annexe de la note précise le champs des instruction pour lesquels un appui technique des établissements est attendu prioritairement, et cela aux différentes étapes de l’action de la police administrative. Ainsi, l’appui technique de l’AFB intervient dans le domaine des travaux en milieux aquatiques et marins (dossiers IOTA) ainsi que dans le domaine de l’hydroélectricité, alors que l’ONCFS se partage avec l’AFB la préservation du patrimoine naturel (dérogation faune/flore protégée), respectivement pour le domaine terrestre et les milieux aquatiques ou marins.
L’instruction rappelle la contribution des établissements à chaque phase de l’action de la police administrative : en amont de la phase d’instruction, au cours de l’instruction et en aval de l’instruction. Elle précise également les modalités d’organisation et de coordination.